XVII-asis amžius. Europoje jau įsigalėjusi krikščionybė pamažu plinta po atokiausius pasaulio kampelius. Iš Portugalijos iškeliavęs jėzuitas, tėvas Fereira be pėdsakų dingsta Japonijoje. Po kelerių metų jėzuitų vyresniesiems žinią apie tėvą Fereirą parneša keliaujantis...
Mažame Japonijos kaimelyje gyvena mažas berniukas, vardu Kubo. Ankstyvoje vaikystėje netekęs tėvo – galingo samurajaus – jis rūpinasi savo motina, o labiausiai mėgsta klausytis kitų kaimelio gyventojų istorijų ir pasakoti jas pats. Vieną dieną berniukas netyčia pažadina...
Šišio išplaukė savo šarvuotu laivu nuversti Meidži vyriausybę bei grąžinti Japoniją į chaosą. Su savimi jis gabenasi Kaoru. Norėdamas sustabdyti jį laiku, Kenšinas treniruojasi su savo senuoju meistru, turėdamas tikslą paskutinį kartą pakelti savo meistriškumo lygį.
Feodalinė Japonija - pavojingi ir žiaurūs laikai. Koga Ninja klano komandą, pasiųstą ištirti keistą marą Šimoda kaime, užpuola akmeninis milžinas Tesai. Vienintelė gyva lieka Kagero, bet jos laukia dar žiauresnis likimas. Milžinas ją nusitempia į savo "irštvą" ir pradeda...