Praėjus dvejiems metams po to, kai keturi bebaimiai kovotojai Mikelandželas, Donatelas, Leonardas ir Rafaelis nugalėjo piktadarį Šrėderį ir atnešė taiką bei ramybę Niujorkui, įtampa mieste vėl ima didėti. Užuosdami kažką negero, vėžliukai ima aiškintis situaciją ir atranda, kad...
Ilgus metus tolimosios Nindžiago šalies gyventojai mėgavosi taika ir gerove. Tačiau vieną dieną į šalį su savo armija įsiveržia Didžiausias Visų Laikų Blogiukas, piktasis Garmadonas. Taikūs Nindžiago gyventojai puola į paniką, tačiau prieš įsibrovėlius stoja 6 senojo nindzės...
