Niujorkas išgyvena slogius laikus. Piktadarys Šrėderis geležine ranka valdo visą miestą – pradedant korumpuota policija, baigiant dar korumpuotesnias politikais. Saugumo jausmą seniai užmiršę miestiečiai įbauginti ir praradę viltį. Tačiau vieną dieną kažkas pasikeičia. Tai...
Broliai vėžliukai nindzės – Leonardas, Donatelas, Rafaelis ir Mikelandželas – dirba petys petin, kad savo didvyriškais poelgiais būtų priimti kaip visi paaugliai ir užsitarnautų Niujorko meilę. Didžiausias brolių ir jų naujosios draugės bebaimės reporterės April Onil iššūkiu...
Po pergalės prieš Šrederį vėžliukai išsibarstė po visą pasaulį. Tačiau Niujorke bręsta naujas pavojus – pramonininkas Maksas Vintersas surinko senovinių monstrų-karių armiją. Pasauliui gresia rimtas pavojus. Vieninteliai, kas gali jį išgelbėti – vėžliukai nindzės.
Praėjus dvejiems metams po to, kai keturi bebaimiai kovotojai Mikelandželas, Donatelas, Leonardas ir Rafaelis nugalėjo piktadarį Šrėderį ir atnešė taiką bei ramybę Niujorkui, įtampa mieste vėl ima didėti. Užuosdami kažką negero, vėžliukai ima aiškintis situaciją ir atranda, kad...
Leonardo, Rafaelis, Mikelandželo, Donatelo! Jaunieji vėžliukai tapo nenugalima žalioji kovos mašina. Jų metas atėjo! Visame pasaulyje vaikų mylima drąsioji ketveriukė, pilna neišsenkančios energijos, vyksta į nuotykių kupiną kelionę, kovodami su nenaudėliais ir visokio plauko...
Vežliukai nindzės keliauja gelbėti savo draugės Eipril ir atsiduria... senovės Japonijoje. Čia jie patenka į sukilėlių rankas. Mat XVII amžiuje Japonijoje vyksta sukilimas prieš imperatorių.
Niujorko požemių gyventojai vėžliukai nindzės turi stebuklingos medžiagos, nuo kurios galima virsti mutantu. Kai piktasis Šrederis sužino apie tokią medžiagą, vėžliukams nindzėms ir vėl tenka stoti į mūšį ir išgelbėti pasaulį.
