Po pergalės prieš Šrederį vėžliukai išsibarstė po visą pasaulį. Tačiau Niujorke bręsta naujas pavojus – pramonininkas Maksas Vintersas surinko senovinių monstrų-karių armiją. Pasauliui gresia rimtas pavojus. Vieninteliai, kas gali jį išgelbėti – vėžliukai nindzės.
Niujorko požemių gyventojai vėžliukai nindzės turi stebuklingos medžiagos, nuo kurios galima virsti mutantu. Kai piktasis Šrederis sužino apie tokią medžiagą, vėžliukams nindzėms ir vėl tenka stoti į mūšį ir išgelbėti pasaulį.
