Niujorko požemių gyventojai vėžliukai nindzės turi stebuklingos medžiagos, nuo kurios galima virsti mutantu. Kai piktasis Šrederis sužino apie tokią medžiagą, vėžliukams nindzėms ir vėl tenka stoti į mūšį ir išgelbėti pasaulį.
Kai pastebimas didžiulės galios ateivių erdvėlaivis, artėjantis prie Žemės, admirolas Jamesas T. Kirkas, norėdamas jį sulaikyti, vėl vadovauja pertvarkytam „USS Enterprise“.
