Kai pastebimas didžiulės galios ateivių erdvėlaivis, artėjantis prie Žemės, admirolas Jamesas T. Kirkas, norėdamas jį sulaikyti, vėl vadovauja pertvarkytam „USS Enterprise“.
Niujorko požemių gyventojai vėžliukai nindzės turi stebuklingos medžiagos, nuo kurios galima virsti mutantu. Kai piktasis Šrederis sužino apie tokią medžiagą, vėžliukams nindzėms ir vėl tenka stoti į mūšį ir išgelbėti pasaulį.
